С 27 апреля 2016 года Магнитогорская таможня реорганизуется в связи с присоединением к Челябинской таможне. Это определено приказом ФТС России от 11 февраля 2016 года № 246 «О реорганизации Магнитогорской и Челябинской таможен».

С 27 апреля 2016 года аннулируются действующие коды Магнитогорской таможни, Карталинского таможенного поста, Магнитогорского железнодорожного таможенного поста, и таможенного поста Аэропорт Магнитогорск Магнитогорской таможни. Одновременно присваиваются коды Карталинскому, Магнитогорскому железнодорожному, аэропорт Магнитогорск таможенным постам Челябинской таможни.
Регионом деятельности Челябинской таможни определили Курганскую и Челябинскую области.
Реорганизация проводится в целях совершенствования структуры и повышения эффективности деятельности таможенных органов Российской Федерации.
Пресс-служба УТУ