Что касается Челябинской таможни, то очередным своим "рождением" она обязана именно железной дороге, когда  в 1899 году  в эксплуатацию была запущена екатеринбургская ветка западно-сибирского участка Транссибирской железнодорожной магистрали. Тогда Челябинск оказался конечной западной  станцией этого участка и вплоть до 1912 года оставался единственными железнодорожными "воротами", связывающими Сибирь с центром России, а Челябинская таможня - единственным пунктом контроля всех колониальных товаров, прибывающих с Востока.

Вот уже более ста лет таможня неразрывно связана с железной дорогой, с которой тесно и продуктивно взаимодействует. Сегодня Южно-Уральская железная дорога входит в число крупнейших отечественных магистралей. Это начальное звено Транссиба – самой протяженной железной дороги в мире - свыше 7,5 тысяч км, а эксплуатационная длина составляет 4562 км и охватывает территории 8 субъектов Российской Федерации. С начала  2013 года количество  оформленных контейнеров с товаром составило 8057, а общий вес составил 192,97 тонн. 

В марте 2013 года утверждён временный порядок по информационному взаимодействию между ОАО «РЖД» и ФТС при перевозке импортных грузов. И уже в ближайшее время  стороны приступят к тестированию комплекса программных средств, предусматривающего обмен электронными документами на всех этапах перевозки импорта – начиная от их ввоза на таможенную территорию и заканчивая выдачей грузополучателю. 

Итогом совместной работы ОАО «РЖД» и ФТС станет полновесная система электронного документооборота, которая заметно ограничит время совершения таможенных операций, а также ускорит прохождение границы поездами. Это, в свою очередь, способствует росту грузоперевозок. 

Немаловажную функцию составляет профилактическая работа по устранению причин и условий, способствовавших совершению административных правонарушений, регулярно проводимая перевозчиком. В текущем году проводимые мероприятия привели к значительному снижению количества административных дел за нарушение таможенных правил, возбужденных Челябинской таможней в отношении перевозчика. 

С момента образования Таможенного союза существенно изменилась нормативная правовая база в области таможенного дела. Все вопросы по применению новых норм таможенного законодательства обсуждаются на рабочих встречах и консультативных совещаниях в Челябинской таможне в режиме видеоконференцсвязи с Уральским таможенным управлением.