Любое лицо вправе обжаловать решение таможенного органа, если таким решением, по мнению этого лица, нарушены его права, свободы или законные интересы, ему созданы препятствия к их реализации либо незаконно возложена на него какая-либо обязанность. Жалоба подается в таможенные органы и (или) в суд, арбитражный суд. 

Организации участвуют в обжаловании решений через свои органы, действующие в соответствии с гражданским законодательством Российской Федерации. Представителями граждан, в том числе индивидуальных предпринимателей, и организаций при обжаловании решений таможенного органа могут выступать адвокаты и иные оказывающие юридическую помощь лица. Полномочия руководителей организаций, действующих от имени организаций в пределах полномочий, предусмотренных федеральным законом, иным нормативным правовым актом или учредительными документами, подтверждаются документами, удостоверяющими их служебное положение, а также учредительными и иными документами. Полномочия законных представителей подтверждаются документами, удостоверяющими их статус и полномочия. Полномочия адвоката удостоверяются в соответствии с федеральным законом. Доверенность от имени организации должна быть подписана ее руководителем или иным уполномоченным на это ее учредительными документами лицом и скреплена печатью организации, должна содержать право на обжалование решений, действий (бездействия) в области таможенного дела.

Жалоба на решение таможенного органа может быть подана в течение трех месяцев со дня, когда лицу стало известно или должно было стать известно о нарушении его прав, свобод или законных интересов, либо со дня истечения срока для принятия таможенным органом или его должностным лицом решения или совершения действия, установленного актом таможенного законодательства Таможенного союза, актом законодательства Российской Федерации о таможенном деле и рассмотрена в течение одного месяца со дня ее поступления в таможенный орган. В случае пропуска по уважительным причинам срока для обжалования этот срок по заявлению лица, обратившегося с жалобой, восстанавливается таможенным органом, правомочным рассматривать эту жалобу. Жалоба на решение таможенного органа подается в письменной форме и должна быть подписана лицом, чьи права, по его мнению, нарушены, или его представителем собственноручно. В случае, если жалоба подается представителем, к жалобе должны быть приложены документы, подтверждающие его полномочия. 

Кроме того, статьей 49 Федерального закона предусмотрен упрощенный порядок обжалования, преимущества которого заключаются в том, что могут быть обжалованы решение, действие (бездействие) должностного лица таможни или таможенного поста в связи с ввозом в Российскую Федерацию и (или) вывозом из Российской Федерации товаров, стоимость которых не превышает 1,5 миллиона рублей, и (или) одного транспортного средства (состава транспортных средств). Лица обращаются с устной жалобой к вышестоящему должностному лицу соответственно таможни или таможенного поста, а в случае обжалования решения, действия (бездействия) начальника таможенного поста - к начальнику таможни, в регионе деятельности которой находится данный таможенный пост. Рассмотрение жалобы осуществляется безотлагательно, и решение по ней принимается незамедлительно, но не позднее трех часов с момента ее подачи. По желанию лица, обратившегося с жалобой, должностным лицом таможенного органа, рассматривающим указанную жалобу, составляется акт о рассмотрении этой жалобы в упрощенном порядке. В случае отказа в рассмотрении жалобы на решение, действие (бездействие) должностного лица таможенного органа в упрощенном порядке в этом акте указываются причины такого отказа. Копия акта вручается лицу, обратившемуся с жалобой.

Однако, рассмотрение жалобы в упрощенном порядке и принятие по ней решения не являются препятствием для подачи жалобы на решение, действие (бездействие) таможенного органа или его должностного лица в общем порядке.